El gobierno del CEFENx estará a cargo de órganos colegiados y unipersonales a nivel general. Los órganos colegiados tendrán básicamente funciones normativas generales, de asesoramiento y de control en sus respectivos ámbitos, en tanto los unipersonales tendrán funciones ejecutivas.
Los miembros integrantes de los cuerpos colegiados desarrollarán sus actividades ad honorem y las decisiones que adopten en el marco de sus competencias respectivas se resolverán por la mayoría que en cada caso se establece teniendo cada miembro voz y voto en las resoluciones.
Los órganos colegiados de gobierno podrán prever sus reuniones de manera virtual, asegurando que exista deliberación previa a la toma de decisiones, obrando las constancias de comunicación electrónicas u otros en las actas respectivas. A esos efectos se implementarán iniciativas relativas a la digitalización de los circuitos administrativos y a la utilización de la firma digital para dotar de seguridad a las comunicaciones internas de acuerdo con lo establecido por la Ley No.126-02 de Firma Digital.